學校設有兩間穆斯林祈祷室，依性別區分，分別位於第一醫學大樓的3樓 (女性) 與11樓 (男性)。穆斯林教職員與學生可在此靜心祈禱、連結信仰。

祈祷室地點：長庚大學行政單位與祈祷室位置資訊