沿革
本校创立於民国76年4月，原名為长庚医学院。本系於民国76年开始招收學士後医学系学生，民國78年起開始招收七年制医学系学生，學士後医学系則於民國80年停止招生，民國102年8月起配合國家醫學教育改革，開始招收新學制六年制医学系学生。本系的教育宗旨在培養知識與德行兼備、理論與實務結合，能夠終身學習及身體力行，進而服務人群和貢獻社會的醫學人才。本系的使命及目標是培養各方面均衡發展且「以人為本」的「全人医师」，目標是培育具優質专业素养、人文社會關懷、國際宏觀視野與終身學習的好醫師，不但能精準且有效地提供全民醫療服務，並達到符合社會的需要及期望，同時具備人性關懷、熱忱服務、尊重生命、善用資訊、終生自我學習、團隊合作與負責任等特質。

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未来展望
本系的未来展望除了繼續培養各方面均衡發展的好醫師之外，也希望本系的師生及畢業生均能以本系為榮，營造出本系术德兼备、以人為本的優良傳統與精神。我們希望系上的課程及教學品質能持續改進及進步，融合國際醫學教育核心精神，讓学生在各方面能均衡發展並成為國內医学系的榜樣；鼓励参与偏远地区及社区的医疗及健康服务，更要培养医学生国际接轨的崇高视野与理想；积极与国外医学院建立教学及研究之合作關係，促進学生及教師之交流及成長。更希望本系的教育、研究與發展能追求卓越，讓成果能站上國際舞台，成為國際一流的医学系。