长庚大学為了实施推动培育跨学科人才的教育目标，於民国91年分别成立「生化与生医工程研究所」与「医疗机电工程研究所」。由於人口快速老龄化导致居家护理相关产业快速发展，及发展精準医疗技术及设备所需相关技能日益精密与复杂化，使得生物医学工程领域相关学习的学生人数不断增加。為了有效地整合与共享资源，培育具有工程科学背景的生物医学工程师，具备可以整合工程学与生命科学相关知识，有效运用於解决临床医学中的问题或提高医疗效率，从而提高患者的生活质量的能力。长庚大学於107年8月合併了「生化与生医工程研究所」与「医疗机电工程研究所」，成立「生物医学工程研究所」，并在111年8月成立大學部「生物医学工程学系」。