本系致力於建构以工程学及基础生物学為重点的学习环境，培养具备独立思考、能整合工程学与生命科学知识，并有效解决临床医疗问题的高级医工人才。
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歷史沿革：為推動培育跨學科人才，長庚大學於民國 91 年成立「生化與生醫工程研究所」與「醫療機電工程研究所」。因應高齡化社會與精準醫療的快速發展，為有效整合資源，於 107 年 8 月將兩所合併為「生物醫學工程研究所」，並於 111 年 8 月正式成立大學部「生物医学工程学系」。
- 教育目标：培育能作為工程与临床医学桥樑的生物医学工程师，进而提升医疗效率与患者生活品质。