本系结合长庚医院与医学院的基础及临床研究能量，目前主要分為叁大专业领域，欢迎理、工、医、农及生命科学相关学系同学加入研究团队
- 医疗机电与力学 (Medical Mechatronics and Mechanics)
研究重点：智慧型医疗设备设计与开发、科技辅具开发、生物力学等。
医微机电实验室
生医实验力学研究室
组织力学实验室
耳科学实验室
- 生医材料与感测 (Biomedical Materials and Sensing)
研究重点：医疗植体设计、生医材料、生医感测、生医光电及组织工程等。
功能性生医材料实验室
组织工程及微流体生物晶片实验室
生医材料与组织工程实验室
生医光电微流体晶片实验室
- 生医资讯与影像 (Biomedical Informatics and Imaging)
研究重点：医学影像处理、人工智慧於医疗检测诊断上的应用等。
人工智慧微流体整合实验室
机器学习与系统生物资讯实验室
多模态生医资料处理实验室