长庚大学医学工程系拥有先进且完善的研究设施，為学术研究与创新提供了坚实的支持。该系设有多个专业研究室，包括：
- 功能性生医材料实验室
- 生医材料与组织工程实验室
- 组织工程及微流体生物晶片实验室
- 生医实验力学研究室
- 生医微机电实验室
- 组织力学实验室
- 生医光电微流体晶片实验室
- 耳科学实验室
- 人工智慧微流体整合实验室
这些研究室各有专业方向，涵盖生医材料、微流体晶片、组织工程、力学、光电微流体等领域。每一个研究室都致力於在其专业领域中取得突破，并积极培养学生的研究能力。
為支援实验及学术探究，长庚医工系配备了许多高科技仪器与设备，例如：
- X光繞射儀 (XRD)：用於材料的晶体结构分析，能够提供精确的结构数据。
- Instron 雙軸骨材測試機：可用於材料的机械测试，特别适合骨科材料的强度分析。
- 桌上雷射雕割机：能精细切割各种材料，用於微机电及生医装置製作。
- 光介电泳微流体装置：用於微流体研究，适合生物晶片上的细胞或微粒控制。
- 粉末烧结3顿印表机：支援高温材料的3顿打印，能製作复杂的生医装置。
- 沉浸式体验人体互动开发系统：提供虚拟人体环境的模拟，有助於进行生医互动的研究与开发。
- 流式细胞仪：适合生物样品的高通量分析，能够快速测量细胞特性。
- 流变仪：用於测试材料的流动特性，特别适合生医材料的研究。
长庚医工系所拥有的这些高端仪器设备不仅增进了研究的精度与深度，还提供了学生丰富的实验操作经验。这些设备的投入使研究人员能够在前沿的生医工程领域内进行深入研究，為学术进展及医疗应用的突破奠定基础。