呼吸暨重症照护组所开设之课程规划乃依据临研所拟订六项学生应具备之核心能力為目标，进行课程进度设计与教学
1. 健全臨床醫學知識及醫學研究整合能力
為健全及加强该组学生临床呼吸治疗专业与临床医学知识能力，本组於必修课程开设如进阶重症呼吸照护及监测2学分、心肺疾病学特论3学分、败血症及多重器官衰竭特论3学分等，让学生得以将相关知识应用於未来的临床专业照护和研究基础上。在医学研究整合能力之训练与培养上，本组针对硕一学生开设一学年必修课程:专题讨论(1)(2)各1学分，透过公开讨论模式，培养硕一学生对呼吸暨重症照护相关学术研究之批判能力，并进一步提升研究生的组织整合、逻辑思考能力。
2. 充實生物醫學理論及研究能力
除了强化研究生於临床呼吸治疗与医学知识外，為能培养本组研究生基础医学与临床整合能力，提供更具广度与深度之研究方向，本组亦开设相关生物医学课程如必修:分子生物学3学分，选修:基本生物医学实验技术3学分、动物模式实验与设计2学分、肿瘤生物学3学分、血管新生学特论3学分等，使研究生能具有生物医学理论与实验技术之研究能力，进而将基础生物医学与临床结合。
3. 訓練獨立研究能力及研發之創造
主要透过硕士论文撰写与研究方法必修课程:临床医学研究方法(1)、(2)共5学分课程之讲授，培养研究生从研究主题寻找到聚焦、文献探讨、研究设计、统计分析到最后独立完成呼吸治疗研究论文。此外鼓励研究生可与本系临床教师合作共同申请长庚医学研究计画补助。
4. 培養溝通協調及團隊合作之能力
由於呼吸治疗师為现今医疗团队之一份子，具备团队合作与沟通协调是提昇工作效率解决复杂问题，顺利达成目标的重要能力之一。因此透过课程教学设计採以分组实验、报告与小组讨论方式可培养研究生沟通协调与团队合作能力。
5. 開拓國際視野及具備國際競爭力
临研所鼓励所内研究生於在学期间申请出国进修，提供学生更广泛而丰富之学习机会与经验，能有机会学习新的研究方法，扩增研究视野，增进未来建立国际间研究团队之合作之机会。再者本系近年积极建构国际化环境，除定期邀请国外学者专题演讲与办理研讨会之外，也鼓励本组研究生与大学部学生共同参与。
6. 具備醫學研究倫理
為建立研究生具备医学研究伦理、人体试验伦理与法律知识，临研所於课程规划内开设相关选修课程如临床试验概论2学分、临床试验执行实务2学分、生物科技与医事法律2学分等，透过课程讲述与讨论介绍临床试验的研究理念及相关问题，以及国际法规协合会之下之临床试验相关规范、人体试验委员会之机能、临床试验计划书之设计、资料处理、实际执行之运作面、报告书之撰写及临床试验查核。