長庚大學天然藥物研究所於民國八十八年八月正式設立，迄今已有十四年多，於九十九年八月與「中醫系」及「傳統中國醫學研究所」合併為系所合一的「中醫學系」更名為「中醫學系天然药物硕士班」，系所合併將能更緊密結合臨床教學與實務應用。本單位積極從事中草藥及天然藥物領域之教育學術研究，培育中草藥與天然藥物專業研究人才，並在一O二學年度於生物醫學研究所成立天然藥物組博士班，招收第一屆博士生，以期能提供有志成為高級中草藥及天然藥物專業研究人才的進修管道。本單位的優勢在於師資與技術專長、技術特有性、教師研究論文質量均佳、多領域研究整合特性、與產業界及學術界之整合合作佳。我們在研究生的訓練及學習的環境及其培育有下列之優勢：
1.由於天然药物研究领域，相关研发技术有其专一性及特殊性，无法轻易跨入，本所已建立一些研究平台，这些平台已拥有许多经验，且有其不可取代性。
2.本所相关教师在天然药物研究领域已建立起名声，為本单位最大资产。
3.专任教师致力學術研究，所產出之論文及研究成果質量均佳。研究論文幾乎皆為碩士班研究生之研究主題及其成果，足見雖然碩士班生涯雖僅兩年，但經由進入天然藥物研究所經過教學及訓練後其研究能力有明顯的提升足以於此領域有杰出表现。
4.本所具备不同研究领域之研究人才，相互整合為天然药物研究团队，培育产、学界天然药物相关之药学、化学、生物科技及药理学方面之高科技人才。且本硕士班毕业学生有极高机会至本校相关机构如长庚医院、台塑生医公司及长庚生技公司就业。
5.中草药产业為国家重点科技，配合全球天然药物发展趋势，本所结合台湾优越之天然资源，非常有机会发展出特殊之天然物产物及剂型。
6.生物科技产业蓬勃发展，而许多生物科技产业皆与本单位领域有密切关係，包括健康食品、化妆保养品、药品及生物製剂等，因此相关之专业研究人才亦需求孔急，我们训练之研究生有良好的学识基础及实验研发技术，将可足供现今社会及产业界之需求。