*90年10月12-14日：与呼吸照护学会共同主办第十届亚太呼吸照护年会暨第一届世界呼吸照护大会。
*90年12月3日：与呼吸照护学会共同推动呼吸治疗师立法通过。
*91年1月15日：為培养从事呼吸照护相关研究人才，促进国内对医疗教育之重视，本系与昭华教育基金会共同设立呼吸照护研究奖助学金。
*91年7月1日：本系开设暑期推广教育学分班，反应良好并造成班班爆满情况。
*91年10月：本系首届在职专班毕业生参加专技人员高等考试，录取率达87﹪。
*92年10月：本系第二届在职专班毕业生参加专技人员高等考试，录取率达89﹪。
*92年8月1日：本系专任教师施玫如老師獲准赴美加州大學舊金山分校護理博士班進修。
*93年2月1日：本系专任教师萬國華助理教授獲准美國哈佛大學公衛學院博士後研究員。
*94年6月21日：奉准於95學年度起增設招收大学部四年制一般生35名。
*95年12月3日：与台湾呼吸治疗学会於本校国际会议厅协办第叁届呼吸治疗师节庆祝大会暨学术研讨会。
*96年10月15日：教務處「增設調整院系所學位學程及招生名額總量發展審查會議」決議同意本系自 97學年度起於臨研所增設呼吸暨重症照護組，招生名額五名。
*97年12月：本系接受财团法人高等教育评鑑中心97学年度系所评鑑审查通过。
*98年4月10日：與美國德州大學聖安東尼奧分校呼吸照護學系簽訂学术交流合作。
*98年12月12-13日：与台湾胸腔暨重症加护医学会协办第14届会员大会暨学术研讨会。
*99年8月24日：本系大学部第一屆畢業生參加呼吸治療師專技高考錄取率達96.3％，全國第一。
*99年12月18日：黄崇旂副教授接任本系系主任。
*100年8月：本系大学部第二屆畢業生參加呼吸治療師專技高考錄取率達97％，全國第一。
*100年8月1日：本系獲准更名為呼吸治疗学系。
*100年8月：黄崇旂主任荣升為教授。
*101年2月：陈妍慧讲师获准进修师范大学体育系博士班。
*101年3月2日：與美國喬治亞州立大學呼吸照護學系合辦呼吸治療設備研發工作坊 。
*101年8月：本系大学部第三屆畢業生參加呼吸治療師專技高考錄取率達95.24％，連續三年全國第一。
*101年11月：林蕙鈴老師獲選美國AARC Fellow。
*102年3月：與美國喬治亞州立大學呼吸照護學系簽訂学术交流合作
*103年9月:本系大学部第五屆應屆畢業生參加呼吸治療師專技高考率取率達96.88%，且連續五年全國第一。
*104年9月:本系大学部第六屆應屆畢業生參加呼吸治療師專技高考及格率100%，並考取榜首:曹育嘉，榜眼:陳彥儒同學。
*105年2月:本系万国华老师荣升為教授，陈妍慧老师荣升助理教授。
*107年9月:本系万国华教授荣获107年度优良教师辅导奖
*107年11月:本系高国晋老师荣升為教授，林蕙铃老师荣升副教授
*108年11月:本系赖盈如老师荣升副教授
*108年12月:本系万国华教授荣获108年度教育部优良导师奖
*109年8月:本系谢孟哲老师荣升副教授
*111年7月:賴盈如老師研究論文發表於 The Journal of Clinical Investigation (JCI) (臨床研究雜誌)國際頂尖期刊。(SCI, 2021 IF=19.456)
*111年11月:林蕙铃老师荣升教授，陈妍慧老师荣升副教授
*111年12月:蔡熒煌教授入榜2021 年全球前 2% 頂尖科學家
*112年9月: 賴盈如教授榮獲112學年度本校優良教師-年輕學者研究獎
*114年9月:林蕙铃教授荣获本校优良教师-教学奖
*114年10月:谢孟哲副教授接任本系系主任