【课程规划】
本所课程规划包含一中心主轴课程，与叁大领域之各自课程。中心主轴课程為：专题讨论，实证復健医学，研究设计，统计学，教学实习，论文写作与论文撰写。本所的叁大领域分别為「神经与动作科学」、「骨骼肌肉系统与復健工程」与「健康与运动科学」 。為配合理论与实务合一之理念，学生可按其专业兴趣与生涯规画之需求选择其领域。此外，学生亦可跨领域选修课程。
博士班研究生应至少修毕30学分，其中包含必修学分10学分，必选学分2学分、选修学分12学分、博士毕业论文6学分。
一、骨骼肌肉系统与復健工程&苍产蝉辫;
工程原理與科技於人體骨骼肌肉系統之復健科學的應用。課程內容涵蓋復健工程的介紹、骨骼肌肉系統相關之復健工程之研究發展， 现代科技之应用。
科技辅具
電腦科技辅具類：針對障礙者建構或改造軟硬體環境，以促進障礙者之電腦或網路可及性(computer or web access)。副木與輔具研 製與療效分析：利用人因工程知識探究輔具設計的適用性，並探討副木或輔具對肢體的動作行為效益，因此對副木與輔具的設計、製 作方式及臨床應用提供完整的知識。
二、神经与动作科学
神经行為復健
脑行為机制与动作控制的瞭解，有助復健人员在临床上对动作与行為评估治疗或环境改造上的创新及突破。因此本所将结合现代科学研究发展趋势，以復健医学、分子医学影像、医学工程、心理学等领域之师资与研究资源，从事与脑行為与动作控制相关的研究领域，包括：脑电生理研究、脑造影研究、生物力学研究与临床评量研究。脑电生理研究有助於脑高级功能的了解，进而协助认知知觉受损患者的復健或探讨神经行為发展的问题；脑影像研究可以从分子医学层次开拓復健研究的层面，直接从活体分子活动，观察不同的復健治疗对於脑部所产生的功能性重组的型态，提供治疗理论的验证与演进，往实证研究為基础（别惫颈诲别苍肠别-产补蝉别诲）之临床治疗迈进；运动学、力学与肌电图分析有助於了解神经或骨科疾患动作控制机转、动作行為的评估治疗的效度。临床评量研究可从外显行為探知脑侧化或不对称发展的相关议题。
叁、健康与运动科学
老人健康科学
近年來由於台灣社會人口結構之變遷，與醫療照護體系給付制度之改革，老人健康照護已成為政府政策發展的重點。長庚醫療體系，除了長庚醫院急性醫療系統之外，包括慢性醫院、護理之家及養生文化村，形成整合型醫療健康照護體系，從預防保健、急性醫療、慢性醫療復健及長期照護做整體資源整合。老人健康科学的研究發展，重點在於從生理、心理及社會等多元的觀點來探討老人健康之臨床實務與理論，強調復健相關人員在老人健康照護中的重要性，建立健康照護之復健服務模式，並探討老人活動與健康促進生活品質之相關性、生活型態再改造等議題。
运动与低氧适应之分子医学
针对运动与低氧介入对急性损伤与慢性疾病之预防与治疗或可能潜在危险做系统性的探讨。实验之模式包括细胞分子、实验动物、健康人类、具罹患疾病潜质之人类族群、与已发生疾病的患者。并藉由探讨「运动与低氧环境」对血管张力、血栓、发炎、免疫、自由基生成、及细胞凋亡的影响，以瞭解对高血压、周边血管病变、血管粥瘤硬化、心肌梗塞、中风、糖尿病、癌症、损伤感染、老化、与养生的调控机制，进而建立一个安全而有效的治疗策略。
运动伤害防护
在今日運動競技、休閒活動、與健康維護等產業迅速發展的情況之下，無論是國內或國外，相關的學術領域與各式機構都急需具有運動醫學知識，以及運動傷害之預防、照護、治療、與復健技能之專業人才。本所將針對 (1)运动伤害防护基礎科學；(3)運動傷害評估學；(4)运动伤害防护學；(5)運動健康管理等四大領域做深入且系統性研究。