医学院於民國76年4月奉准设立，同年7月开始招收学士后医学系新生。民国78年，护理学系、医事技术学系及七年制医学系同时成立并招收首届新生，原学士后医学系则於民国80年停止招生。本院并於民国99年起因应发展需求进行系所整併及更名目前设有医学系、护理学系(含硕士班及博士班)、医学生物技术暨检验学系(含硕士班)、物理治疗学系(含硕士班及博士班)、职能治疗学系(含硕士班)、中医学系(含天然药物硕士班及传统中医学硕士班)、呼吸治疗学系、生物医学系(含硕士班)、医学影像暨放射科学系(含硕士班及博士班)、生物医学研究所(含硕士班及博士班)、临床医学研究所(含硕士班及博士班)、颅顏口腔医学研究所(硕士班)、早期疗育研究所(硕士班)、学士后护理系及免疫转译医学研究所(硕士班)，共计有十系五所。另陆续增设了五个学位学程供学子有更多的选择(新兴病毒分子医学国际硕士学位学程、显微手术国际硕士学位学程、健康既长期照护产业硕士学位学程、生物科技產業碩 / 博士學位學程)。
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1987長庚医学院 |
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1993长庚医学暨工程学院 |
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1997长庚大学 |
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1987 |
学士后医学系(1991停止招生) |
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1989 |
医学系(七年制) |
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护理学系(与护理学研究所整併，2017增设博士班) |
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医学生物技术暨检验学系(原為医事技术学系，1996分设医事检验组以及放射技术组、2002更名，2010与医学生物技术研究所整併) |
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1990 |
临床医学研究所 |
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1992 |
护理学研究所(整併為护理学系碩士班) |
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1993 |
生物医学研究所(原為基础医学研究所，2008更名) |
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1994 |
物理治疗学系(2010与復健科学研究所整併) |
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职能治疗学系(2010与临床行為科学研究所整併，2021行為科学硕士班_臨床行為與职能治疗学组更名為行為科学硕士班_职能治疗学组) |
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1996 |
医学物理暨影像放射科学系(原為医事技术学系放射组，2004由獨立医学生物技术暨检验学系出來，2010与医学物理暨影像科学研究所整併，2015增设博士班) |
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1998 |
中医学系(2010与天然药物研究、传统中国医学研究所整併) |
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1999 |
呼吸治疗学系(原為呼吸照学系在职专班，2006增设大学部，2011更名) |
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2000 |
天然药物研究(原為生药科学研究所，2002年更名，2010年整併為中医系天然药物硕士班) |
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2001 |
传统中国医学研究所(2010将整併為中医系传统中医学硕士班) |
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2002 |
医学生物技术研究所(2010整併為医学生物技术暨检验学系碩士班) |
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復健科学研究所(2010年整併為物理治疗学系復健科學碩士班及博士班) |
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临床行為科学研究所(2010年整併為职能治疗学系行為科学硕士班) |
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颅顏口腔研究所 |
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2003 |
生物医学系(原為生命科学系，2010年更名，2019增设临床试验评估硕士班) |
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2006 |
医学物理暨影像科学研究所(2010年整併為医学物理暨影像放射科学系碩士班) |
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2007 |
早期疗育研究所 |
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2012 |
新兴病毒分子医学国际硕士学位学程(原為分子医学全英语硕士学位学程，2022更名) |
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2014 |
显微手术国际硕士学位学程 |
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健康暨长期照护产业硕士学位学程(原為健康照护产业硕士学位学程，2022更名) |
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生物科技产业硕士学位学程 |
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2016 |
學士後护理学系 |
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2017 |
生物科技产业博士学位学程 |
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2020 |
医学科学学士学位学程 |
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2025 |
免疫转译医学研究所 |