91猫先生

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生物医学研究所

生物医学研究所

高通量定序分析

课程资讯
学年/学期 112/2
授课教师 刘轩
开课单位 生医所博士班
年级-班别 1-甲
科目代号(学分) BMD514(2)
课程名称 高通量定序分析
开课序号 61394
主要开课序号
修课学生 本校:&苍产蝉辫;12人；外校:&苍产蝉辫;0人
人数限制 0~60
上课时间地点
星期 开始&苍产蝉辫;/&苍产蝉辫;结束 教室&苍产蝉辫;摆代码说明]
星期五 1 (08:10) ~ 2 (10:00) 每週上课
核心能力
备註 一医9贵生物资讯中心电脑教室
教学大纲
教科书 On-line Teaching Materials
教科书ISBN 0000000000
参考书 Reference book E-Learing
课程讲义网址
整体教学目标 本课程主要在使学员认识各种高通量定序之原理及应用，及学习如何取得应用网路上各种生物资讯资料，并进行分析。
教学方法 本课程為叁学分（正课二小时，电脑实作二小时）。教师授课，实例讨论及资料库应用。课程将利用本校生物资讯中心之各种辅助软体及高速电脑配合实习课程，上线实际操作。
课程介绍 本課程的宗旨在分析及處理經由高通量測序技術所產出的數據，以及其在功能基因組學的實際應用。課程將全面介紹新一代測序技術的理論與實務操作，學生將利用連接到長庚生物資訊中心高速計算基礎設施的個人電腦，進行實際的數據分析操作。课程内容主要涵蓋兩大主題：一是針對測序數據的分析技巧，二是透過這些分析深入了解生物學功能的重要性。藉由2小時的課程講解及2小時的實際操作，深入探討功能性基因組學分析所涉及的生物學問題。
弹性学习 弹性学习 1. Final Disscussion (2 hr), 授课教师：刘轩 弹性学习 2. Final Disscussion (2 hr), 授课教师：刘轩
成绩考核 作业-40%；期未报告-60%
师生互动时间 教師: 刘轩 分機: 3526,E-mail: liu-hsuan@mail.cgu.edu.tw Friday 14:00-15:00
教学进度
项次 教学主题
1
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Intridution of New Generation Sequencing (NGS) Technologies and Software Installation 3. 授课教师：刘轩/張益峯
2
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：Basics of High Throughput Sequencing Data Analysis 3. 授课教师：張益峯
3
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：RNA/Noncoding RNA/Small RNA Sequencing Data Analysis and Pathway Functional analysis (I) 3. 授课教师：張益峯
4
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：RNA/Noncoding RNA/Small RNA Sequencing Data Analysis and Pathway Functional analysis (II) 3. 授课教师：刘轩
5
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：Transcriptome Data Integration Analysis: Coexpression Analysis and Network Building 3. 授课教师：刘轩
6
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：Biodata Resource (GEO/TCGA Database) 3. 授课教师：張益峯
7
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：Single Cell Sequencing Data Analysis (I) 3. 授课教师：刘轩
8
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：Single Cell Sequencing Data Analysis (II) 3. 授课教师：張益峯
9
 1. 上課方式：實體上課。 2. 上課主題：Spatial Gene Expression Analysis (I) 3. 授课教师：刘轩
10
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Spatial Gene Expression Analysis (II) 3. 授课教师：張益峯
11
1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：期中報告 3. 授课教师：刘轩
12
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Artificial Intelligence in Biological Data 3. 授课教师：黃柏榕
13
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Exome Sequencing Data Analysi and Mutational Signature Analysis 3. 授课教师：張益峯
14
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Structural Variation Analysis 3. 授课教师：張益峯
15
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Metagenome Sequencing Data Analysis 3. 授课教师：葉元鳴
16
 1. 上課方式：實體上課 2. 上課主題：Oxford Nanopore Sequencing Data Analysis 3. 授课教师：葉元鳴
先修课程
本課程沒有先修课程規定
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