课程资讯
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学年/学期 |
113/1 |
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授课教师 |
黄柏榕 |
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开课单位 |
生医所博士班 |
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年级-班别 |
1-甲 |
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科目代号(学分) |
BMD502(2) |
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课程名称 |
计算生物学 |
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开课序号 |
64114 |
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主要开课序号 |
64093 |
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修课学生 |
本校: 1人；外校: 0人 |
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人数限制 |
2~60 |
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上课时间地点 |
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核心能力 |
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备註 |
多智组必修 |
教学大纲
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教科书 |
自编教材 |
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教科书ISBN |
0000000000 |
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参考书 |
Bioinformatics and Computational Biology: A Primer for Biologists |
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课程讲义网址 |
无 |
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整体教学目标 |
随着生医大数据快速扩展与累积，多体学与跨领域整合能力已成為必备能力。 1) 培养生物医学背景学生跨领域与多体学整合能力 2) 熟習作業系統、多體学分析程式編譯與執行、軟體套件虛擬化封裝、GPU与高速平行化运算与云端运算系统操作。 |
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教学方法 |
观念讲述、范例操作示范、课堂操作练习、课堂讨论 |
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课程介绍 |
本课程包含二大部分： 1) 介紹计算生物学家所需的各類跨領域技能 此部分將學習计算生物学家必備的基礎能力，包含：系統軟硬體安裝、指令式開發環境、自動與平行化運算以及目前熱門的軟體虛擬化封裝與雲端分析平台快速部署技術。 2) 体学与结构生物学常用软体实际操作与演练 此部分将教导学生如何利用免费云端运算平台进行多体学数据整合分析，以微小蛋白质為范例，从基因体中预测小开放阅读框架，再利用机器学习技术识别隐藏的微小蛋白质序列，接着进行基因注释与基因产物功能性分析。同时利用Colab云端运算平台认识Alphafold蛋白质立体结构深度学习预测技术，并配合冷冻电显技术进行优化。最后，介绍巨分子结构视觉化、分子对接、虚拟药物筛选等软体的操作。目标希望帮助学生能将跨领域与多体学知识进行整合。同时，将安排参访校内或校外高速运算资源，引导学生善用校内外学术资源，增广见闻，跨能致胜。 |
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弹性学习 |
Special topic 1: Docker container construction for AlphaFold and foldseek (2 小時，黄柏榕老師) Special topic 2: Protein structure prediction and structure alignment using Dockerized applications (2 小時，黄柏榕老師) * course materials will be provided in E-leaning |
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成绩考核 |
作业：40% 期中考：30% 期末报告：30% |
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师生互动时间 |
星期一 12:00-14:00 分机#3729 黄柏榕老師联络方式：pjhuang@gap.cgu.edu.tw |
教学进度
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项次 |
教学主题 |
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1 |
1.So you want to be a computational biologist? 2.授课教师: 黄柏榕 |
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2 |
1.Installation, configuration, and operation of computational environment 2.授课教师: 黄柏榕 |
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3 |
1.Familiar with Workstation、Server & HPC Cluster 2.授课教师: 黄柏榕 |
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4 |
1.Linux system & Shell Script 2.授课教师: 黄柏榕 |
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5 |
1.Pipeline、parallel computing and queueing System 2.授课教师: 黄柏榕 |
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6 |
1.Dependency management, project isolation and version control system 2.授课教师: 黄柏榕 |
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7 |
1.Docker container I 2.授课教师: 黄柏榕 |
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8 |
1.Mid-term 2.授课教师: 黄柏榕 |
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9 |
1.Docker container II 2.授课教师: 黄柏榕 |
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10 |
1.Nextflow: scalable and reproducible scientific workflows using software containers 2.授课教师: 黄柏榕 |
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11 |
1.Nextflow application: cancer variant annotations 2. 授课教师: 黄柏榕 |
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12 |
1.School Sports Day 2.授课教师: 黄柏榕 |
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13 |
1.Protein folding using Colab Alphapfold 2.授课教师: 黄柏榕 |
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14 |
1.Protein complex prediction & visualization 2.授课教师: 黄柏榕 |
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15 |
1.Student Report I 2.授课教师: 黄柏榕 |
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16 |
1.Student Report II 2.授课教师: 黄柏榕 |
先修课程
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本課程沒有先修课程規定 |