本學位學程的創立為結合本校分子醫學的尖端研究資源，招收國際上對分子醫學研究有興趣的學生，參與本校生物醫學研究。因應新興病毒感染症研究的重要性，本學程將新興病毒與分子醫學研究結合，在110學年度起同時招收本國及外國籍研究生，並於111學年度將“分子醫學全英語碩士學位學程”更名為”新兴病毒分子医学国际硕士学位学程“，使本學程更具開創性。
学程专兼任老师皆具新兴病毒、分子医学或生物资讯大数据分析研究专长。研究资源包含本校新兴病毒感染及分子医学两大研究中心，在研究上具有国际知名度与竞争力。课程涵盖细胞分子生物学及病毒学基础必修学分，选修科目也包括系统生物学之先进技术、疫苗研发、检验试剂开发等应用研究。在人工智慧时代，更鼓励学生选修学程中的基因组数据科学、深度学习与笔丑测迟丑辞苍语言等，以建构大数据分析能力。
病毒無國界，控制新興病毒感染症傳播極需世界各國共同努力，其中病毒及分子醫學研究人才培育更是受到各國重視。此外，生物醫學科技產業向為國際上重要產業，在新興病毒造成疫情之下，更顯見各國投入資源於新興感染症之預防與治療研究。生醫人才培育，除需要具有卓越專業知識外，更需要國際溝通及行動能力。本學程為全英語教學，同時招收國內與國際學生，也藉此提供學生具備国际交流及移動的能力。我們期許本學程畢業學生除有基礎及產業專業知識外，也將具備國際化能力，在新興病毒及分子醫學研究和產業上發揮長才。