实验动物中心主要任務以提供高品質的實驗動物、建立符合國際標準的動物飼養環境及提供動物實驗技術支援。因此实验动物中心以建構標準实验动物中心、提升動物實驗技術支援以及落實實驗動物人道管理為目標，並於2018年11月通過國際實驗動物管理評鑑及認證協會（AAALAC）之完全認證。实验动物中心分成以下兩區：一般代养区及SPF代養區。
一般代养区
一般区以兼具飼養量及實驗空間為主，除兔子外大小鼠均以獨立式氣流飼養籠架飼養動物。設有小鼠潔淨區二間動物房，二間實驗區動物房；大鼠則為一間潔淨區動物房，一間實驗區動物房。共可飼養小鼠1600籠，大鼠390籠；另設有兔子動物房一間可容納30隻兔子飼養。大小鼠飼養溫度為20-26℃，兔子溫度為16-22℃，相對溼度為30-70％。
其它设施方面，為让使用者有更多的工具进行研究，因此设有多功能动物实验室四间可供使用者进行特殊目的的动物实验，如动物代谢实验，动物行為观察等。础叠厂尝2实验室则是因应进行传染性动物实验时可以提供一个饲养动物适当的环境以及研究人员更多的保护。
